Мне 27, я в своё время забыл встать на учёт

         Прописан в Мурманске. В 2003 году уехал учиться в другой город (СПБ), там был зарегистрирован в общаге и встал на учёт в военкомат, была отсрочка. В 2009 закончил университет, регистрация закончилась. Пришёл в военкомат, снялся с учёта, сказал, что уезжаю по месту прописки, расписался, что обязуюсь встать в 2-х недельный срок на учёт в Мурманске. И забыл об этом до наступления 27. Сейчас по-прежнему живу в СПб, официально нигде не работал, трудовой нет, регистрации с 2009 года нет. По месту прописки всегда в квартире кто-то находился, повесток не приходило, в дверь никто не стучался.
         Хочу спросить, что мне грозит, если я не буду получать военник вообще (он мне вроде как не нужен)?

Военный билет - это документ воинского учета, может потребоваться при устройстве на работу. 
Никакой ответственности за то, что Вы не оформили военный билет - законом не предусмотрено. 
При достижении 29 лет - истекают все сроки исковой давности, то есть даже, если бы Вы намеренно уклонялись от призыва (например, были неоднократные неявки по повестке врученной под роспись), то при достижении 29 лет - привлечь к уголовной ответственности уже не могут. 

         Могу ли я получить военник в СПб, например, сделать регистрацию и заняться документами по месту новой регистрации?

Да. 

         Где находиться моё дело?

Скорее всего, его отправили в отдел военного комиссариата по месту Вашей регистрации. В противном случае - оно до сих пор находится в отделе военного комиссариата в СПБ. 
         Чем мне вся эта ситуация может грозить?

Если не будет усмотрено уклонения от призыва, то административный штраф до 500 рублей. 

         Сколько времени займёт примерно получение билета в Мурманске (приписное на руках, последняя отметка - о снятии с учёта в СПб в 2009. В Мурманск ехать нет возможности пока)?
В законе указано 10 дней. Однако, эти сроки не соблюдаются - по разному бывает - некоторые ждут пару недель, некоторые несколько месяцев.